Kościół wybudowany w połowie XIII wieku na miejscu wcześniejszej, częściowo drewnianej świątyni. Na początku kolejnego stulecia przebudowany na gotycki kościół bazylikowy, który przetrwał do wielkiego pożaru Krakowa w 1850 roku. Trzydziestoletnia odbudowa pod kierunkiem Teofila Żebrawskiego zakończyła się w 1883 roku, a jej efektem było m.in. dostawienie neogotyckiej kruchty od ul. Stolarskiej (zaprojektowanej przez przeora o. Mariana Pavoni), wyburzenie resztek spalonej wieży, która stała przed kościołem, wymiana znacznej części murów i budowa nowego sklepienia. W 1884 roku kościół został ponownie konsekrowany.