Najstarszy ogród botaniczny w Polsce, założony w 1783 roku przez Komisję Edukacji Narodowej na terenach wcześniejszego ogrodu Czartoryskich. Zlokalizowany na Wesołej przy ul. Kopernika zajmuje prawie 10 hektarów, a w związku z wykupem przez gminę Kraków budynków i działek w tym rejonie, ma szansę na powiększenie powierzchni w kierunku południowym.

Na terenie ogrodu znajduje się pałac wybudowany ok. 1600 roku. Była to podmiejska rezydencja Czartoryskich, w połowie XVIII wieku kupiona przez jezuitów, a po kasacie zakonu przekazana Akademii Krakowskiej. W latach 1788–1792 budynek został zaadoptowany na obserwatorium astronomiczne. Obecnie mieści się tutaj Instytut Botaniki UJ oraz Muzeum Ogrodu Botanicznego.