Absolwent Instytutu Technicznego w Krakowie i jego wykładowca. Studiował w Berlinie, Monachium i Wiedniu. Zaprojektował m.in. Gmach PAU przy ul. Sławkowskiej w Krakowie, klasztor Szarytek przy ul. Warszawskiej, kościół św. Wincentego à Paulo przy ul. św. Filipa, szkołę na ul. św. Marka, hotel na ul. Gertrudy (obecny Monopol z nadbudową z lat 90.), kilka kamienic przy ul. Karmelickiej (jedną wspólnie z Talowskim), rozbudowę kazimierskiego ratusza (1875-77) i Pałac w Minodze. Wiele z realizacji Pokutyńskiego nie przetrwało do naszych czasów. W 1870 razem z Atanazym Przybyłowskim stworzył plany nowego (trzeciego już) Ratusza w Stanisławowie, który uległ jednak znacznym zniszczeniom podczas I wojny światowej i został przebudowany pod koniec lat 20. Według projektu Pokutyńskiego, w latach 1858-1862 na rogu obecnych ulic Dunajewskiego i Garbarskiej, powstał neogotycki budynek, w którym mieściła się miejska łaźnia a później Hotel Krakowski. Obiekt został rozebrany w 1937 roku, a na jego miejscu wybudowano ogromny gmach Państwowego Banku Rolnego według projektu Wacława Krzyżanowskiego. Filip Pokutyński zmarł w 1879 roku i został pochowany na Cmentarzu Rakowickim. Jego syn Józef Pokutyński należał do grupy najbardziej znaczących krakowskich architektów końca XIX i początku XX wieku.