Otwarta w 1644 roku. Podczas okupacji znacznie zdewastowana, stała się pracownią teatralną, w której pracował m.in. Tadeusz Kantor. Po wojnie miała być świątynią Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego, a gdy w wyniku żydowskich protestów pomysł odrzucono, obiekt przejął Związek Polskich Artystów Plastyków. Zwrócona krakowskiej gminie żydowskiej w 1989 roku. W latach 90. została odrestaurowana. Efektem prac konserwatorskich jest odkrycie zbioru polichromii przedstawiających teksty biblijne datowane chronogramami. Od 2008 do 2019 roku synagoga prowadzona była przez chasydzką grupę Chabad-Lubavitch. Obecnie w remoncie.