Założony w 1795 roku jako nowy cmentarz parafialny cysterskiej parafii w Mogile. Pierwotnie otoczony łąkami, a od końca lat 40. XX wieku blokami najstarszego nowohuckiego osiedla – Wandy. Od 1964 przez ponad 20 lat wyłączony z użytkowania. Jest cmentarzem rzymskokatolickim parafii św. Bartłomieja. W obrębie nekropolii znajduje się Cmentarz wojenny nr 390.

Cmentarz wojenny nr 390 Kwatera wojskowa w części Cmentarza Mogilskiego, z grobami 71 żołnierzy armii austro-węgierskiej. W jej środkowej części znajduje się pomnik w kształcie krzyża, którego projektantem był wiedeński architekt, uczeń Otto Wagnera Hans Mayr. Wśród pochowanych, 48 żołnierzy to ofiary eksplozji materiałów wybuchowych w dwóch austriackich magazynach broni zlokalizowanych na terenie obecnego Parku Ratuszowego w Nowej Hucie. Do tragedii doszło rano, 2 sierpnia 1917 roku. Wybuch amunicji zmagazynowanej w budynkach o powierzchni ok. 1200 metrów kwadratowych był słyszany w Kielcach i Tarnowie. W całym Krakowie doszło do zniszczeń materialnych, w wielu miejscach pozrywane zostały dachy, popękały ściany i zniszczone szyby. Jak pisał tygodnik „Naprzód”, najwięcej szkód – poza najbliższym otoczeniem magazynów – odnotowano „w dzielnicach Wesoła i Kleparz, oraz na Grzegórzkach”.