Muzeum założone w 1899 roku, którego główna siedziba mieści się w Pałacu Krzysztofory przy Rynku Głównym. Pierwotny budynek wzniesiony w XIII wieku. W połowie XVII wieku kamienicę i sąsiednie domy połączył w rezydencję marszałek Adam Kazanowski. Pod koniec wieku pałac został gruntownie przebudowany pod kierunkiem Jakuba Sollari, a wnętrza ozdobił Baltazar Fontana.